为了适应研究生教育事业的发展，落实学校研究生培养机制改革，自2008年5月，学院启动了研究生培养方案制订工作。成立了以廖允成院长和吉万全副院长为组长的学院研究生培养方案制订工作领导小组和以贾志宽教授、张改生教授、冯佰利教授和马守才副教授为组长的作物栽培学与耕作学、作物遗传育种、植物资源学和种子工程等4个学科的研究生培养方案制订工作专家小组，全面负责学院的研究生培养方案制订工作。
本次研究生培养方案的制订范围涉及到学院作物栽培学与耕作学、作物遗传育种、植物资源学和种子工程等4个学科，博士研究生培养方案、硕士研究生培养方案和硕博连读研究生培养方案3种培养类型，12个专业的研究生培养方案。
我院专家根据学校的要求，结合国内外知名大学相同相近学科专业的研究生培养方案，从研究方向的设立、研究基础、科研课题支撑、学术梯队、课程结构及功能、课程组师资和实验技能训练条件等方面进行了充分的论证。学院学位委员会根据专家组的意见，对新的培养方案进行了严格的审查和认真的归纳整合。经学校专家组和学校学位评定委员会的审批论证后而形成。
经过修改后的研究生培养方案，增加了导师作为研究生思想教育事业和业务培养第一责任人的责任，导师依据自己的科研需要和培养要求可以提出高于学院或学校的培养要求；在新的培养方案中，所有的课程学习成绩将作出统一要求；研究方向由原培养方案的31个增加到了44个，修订了研究方向中的部分研究内容；研究生所修学分有了一些变化，硕士研究生修订为28个学分，比原方案减少了2个学分。博士研究生由原方案的16个学分，减少为12个学分。硕博连读生至少应修36个学分；为了全面提高研究生整体素质和方便课程学习的管理，学校在新的研究生培养方案中增加了贯通一级学科基础理论技术课和公共选修课，大幅度压缩了学院自主开设的课程。我院在不同学科自主开设的课程由原来的103门课程减少到61门课程，比原有培养方案减少了40.8%。
学院将从2008级研究生开始执行这一新的研究生培养方案。
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